雷婷與同伴在倉庫中意外發現了大東、亞瑟和小雨的武器，推測他們可能是在某次決斗中失利而遭遇不幸。在結局中，雷婷和萬鈞卻回到過去改變了歷史，這才有了終極一班3的故事，意味著大東等人并未真的離世。

在終極一班2中，汪大東（汪東城飾）受灸舞盟主之命，護送劉備（陳德脩飾）前往鐵時空。但在這個過程中發生了時空震蕩，導致他意外來到了一個陌生的世界。受到劇烈撞擊后的大東醒來，發現自己竟然被困在女子更衣室的柜子里，周圍的一切都變得陌生而神秘。從斷腸人（那維勛飾）的攤位、芭樂高中乃至自己的家，都仿佛消失在熟悉的街道上。

大東從金寶三口中得知，他已經消失了十年。在他消失的這段時間里，父母、亞瑟及小雨為了尋找他而音訊全無。與此金時空的戰力指數也莫名其妙地消失了。為了尋找答案，大東重回終極一班，遇到了賣散煙給學生賺外快的校工斷腸人。從斷腸人口中得知，這一切似乎與芭樂高中有著千絲萬縷的聯系，所有的秘密似乎都隱藏在這座高中之中。然而終極一班已經完全變樣了。

大東向終極一班的同學們澄清了自己必須回到過去的事實。夜晚，雷婷前來送別大東，兩人再次坦誠相對，情感至深處不禁熱烈相擁。為了歡送大東，終極一班提前拍攝了畢業照。在拔河比賽上，終極一班團結協作，終于贏得了比賽。在領獎臺上，大然消失，終極一班陷入了深深的悲傷之中。三個月后，赤裸的汪大然回到了金時空，但他無法解釋回來的原因。雷婷每天彈奏著傷感的鋼琴曲，思念著大東。

花靈龍犧牲自己的生命打開了時空之門。雷婷和中萬鈞耗費十年生命穿越到過去，阻止了龐教授的WTD計劃。他們成功穿越后，雷婷找到了龐教授，用親情打動了外公。最終大家成功逃離災難，回歸平靜生活。

故事后續發展中，汪大東因為時空秩序的混亂而消失在十年后的世界，回到了十年前。隨后的故事主要圍繞著尋找戰力指數消失的原因展開。雷婷和中萬鈞之間的感情逐漸曖昧不清，裘球和花靈龍之間也有了一些交集。五熊的出現揭開了十年前的秘密。最終，雷婷和中萬鈞回到十年前改變了歷史。改變歷史后過了十年，雷婷和中萬鈞約定開始交往。汪大東參加了終極一班的十年聚會，雖然只出現了幾分鐘，但給大家留下了深刻的印象。結局是兩人一起回到了十年前，汪大東騎車帶著雷婷去終極一班上課，兩人開始了新的生活。

關于片尾曲“一個人想著一個人”，其實是描述了雷婷在汪大東消失的這段時間內心的感受，是過程的展現而非結果。中萬鈞最終接受了裘球的告白，兩人走到了一起。這些情節都可以在劇中看到詳細的解釋。至于大東的消失和戰力指數的喪失，目前仍是整部劇的謎團和線索所在。大東為了調查真相留在了芭拉高中與斷腸人一起行動。雖然戰力指數暫時消失，但從花靈龍的評論中可以看出大東的實力依舊強大。