《命令與征服：紅色警戒3》與它的資料片《紅色警戒3起義時刻》主要的區別在于它們的劇情和游戲內容。《紅色警戒3起義時刻》是《紅色警戒3》的擴展，它在原有的基礎上增加了新的單位和任務，進一步擴展了游戲的故事情節。

具體來說，《紅色警戒3起義時刻》新增了如百合子傳、戰熊挑戰、帝國崛起等三個獨特戰役，每個戰役都有特殊的任務和挑戰。也新增了一些單位和建筑，比如帝國的海翼、帝國的天皇機器人，以及盟軍的平定者自行野戰火炮等。

相比之下，《紅色警戒3》原版游戲主要圍繞盟軍、蘇聯和旭日帝國三大勢力的對抗，以及各個勢力的戰役和任務展開。原版游戲的劇情豐富，包含了大量的過場動畫和角色對話。

《紅色警戒3起義時刻》的故事設定在《紅色警戒3》激烈戰斗后的時期，此時蘇俄軍隊慘敗，旭日帝國試圖找回昔日的光榮與身份，而勝利的盟軍則面臨 *** 和可能的欺騙。游戲除了各大陣營的戰役外，還有一個關于旭日帝國英雄單位百合子的特別戰役。

《紅色警戒3起義時刻》與原版游戲在玩法上也有區別，例如前者注重新的指揮官挑戰模式，多達50個不同的挑戰，30個小時以上的游戲時間。兩者在游戲平衡性、聯機內容等方面也存在差異。

在游戲中，玩家將體驗到三大主力陣營：蘇聯、盟軍、旭日帝國。每個陣營都有各自的優劣。例如，盟軍的激流ACV兵種雖然在海上的作戰能力較弱，但在陸地戰場上卻具有強大的戰略作用；旭日帝國的微型潛艇非常煩人，擅長騷擾和逃跑；而蘇聯的磁暴快艇則是強大的進攻力量。

《命令與征服：紅色警戒3》和《紅色警戒3起義時刻》是兩個不同但相互聯系的游戲版本，它們在發行時間、游戲內容、玩法等方面存在差異。玩家可以根據自己的喜好選擇適合自己的游戲版本進行體驗。《命令與征服：紅色警戒3》首部資料片已經推出，游戲背景設定在原版之后，此時蘇俄軍隊慘敗，旭日帝國拼命想找回昔日的光榮與身份，而獲得勝利的盟軍卻發現自己處于 *** 與可能遭受欺騙當中。新增挑戰模式，玩家使用低級兵種通過策略來解鎖高級兵種。

紅色警戒3原版游戲分為三大戰役，每種戰役結局各不相同，另外資料片《命令與征服：紅色警戒3起義時刻》共有四場戰役，新增百合子外傳。以下為原版劇情。

蘇聯任務從抵御帝國入侵，奪回被帝國占領的領土，到進攻整個歐洲，除掉“叛徒”庫可夫將軍，反擊帝國并殺死天皇芳郎，最終戰勝帝國，并且與總理反目，打敗總理，摧毀自由女神像，擊敗美國為止。最后指揮官當上了蘇聯的總理，領導蘇聯走上新時代。