毛小方（林正英飾演），這位聞名遐邇的茅山道長，在甘田鎮設立了伏羲道堂，致力于驅除妖魔，保護百姓安寧。某日，女飛賊黑玫瑰（商天娥飾演）潛入城中劫富濟貧，卻不慎觸怒沉睡已久的慈禧尸身。慈禧蘇醒后，帶領其僵尸兵團在小鎮中作威作福，給小鎮帶來災難。幸運的是，毛小方及時趕到，施展茅山法術，成功化解了這一危機。

罡實（程東飾演）是毛小方的師兄，曾被逐出師門。如今，他帶著養女秀雷（文頌嫻飾演）投奔毛小方，毛小方心地善良，收留了他們。罡實此行的目的并不單純，他企圖爭奪掌門令牌，甚至修煉南陽邪術導致走火入魔。與此科學研究員舒寧（黎淑賢飾）和警察廳隊長宋子隆（尹天照飾）也對毛小方窮追不舍。一時間，毛小方面臨內憂外患，腹背受敵。

罡實的養女秀雷原來是雷罡收養的孩子。雷罡是毛小方的師祖伏羲堂師祖的兒子，多年前因被斥為心術不正而被逐出師門。他流落南洋期間，曾與人比試失敗，被人施過降頭之術。雖然遭受重創，但他苦練多年，學會了許多南洋降術。此次回歸，他誓要與毛小方決一生死。為了爭奪掌門令牌，他偽裝自己，暗中謀劃，企圖取代毛小方在鎮民心中的地位。雷罡與秀雷住在伏羲堂后，秀雷對小海產生了感情。秀雷卻愛上了二師兄阿初。一日，阿初在街頭遇到正在普及科學知識的舒寧，對她一見鐘情。三角關系錯綜復雜。

一日，毛小方去吃羊肉時發現羊肉價格上漲。原來雷罡自中降頭術后需要吸取99只羊的血來恢復功力。他每晚都將頭飛去羊欄中吸血導致羊大量死亡。養羊的人家苦不堪言。莫姓一家人無意中發現了雷罡在羊欄中的行徑，卻因此被他變成了石人。雷罡設計陷害阿初令他中了點物成石的降術，阿初送給舒寧的相機變成了石頭讓他驚恐不已。鎮上警察三元父親也差點被變成石頭村民認為阿初施妖術想要殺了他。阿初百口莫辯幸有毛小方等人為他求情暫時被關進了監獄。雷罡為了恢復功力甚至破壞了毛小方的命牌使鎮上米變成了有毒的米鎮民吃了后中了金蠶蠱毒若一日不飲雷罡的圣水就會狂性大發從而逼著鎮民為他造高臺練邪功。危急時刻秀雷終于醒悟將毛命牌所在告訴了海海又以信鴿通知了毛小方毛小方找黑玫瑰幫忙奪回命牌最終恢復功力在二徒以及阿秀等人的幫助下打敗了雷罡破了他的邪功使他失魂落魄跳崖身亡。而秀雷最終流離失所被海和初帶回伏羲堂后來也拜入了毛小方門下學習茅山道術守護正義與和平。

《茅山傳奇》這部電視劇展現了茅山道長毛小方的傳奇故事以及他與師兄罡實之間的恩怨糾葛。面對各種妖魔鬼怪的挑戰以及人性的復雜糾葛毛小方始終堅守正義與和平的信念最終成功化解危機守護了甘田鎮的安寧。