在宇宙中的螺旋星系，有一顆名為納斯星的美麗星球，上面有一種神奇的果實，它維護著整個星球的生態平衡。這個星球上有一個阿吉亞部落，他們世世代代守護著神之樹。納斯星的平靜突然被宇宙海盜打破。賽爾號的先鋒小隊成員賽小息、阿鐵打、卡璐璐恰好路過此地，他們立刻加入了這場守護之戰。戰斗中還加入了四位神奇精靈：電系王者雷伊、暗影之王布萊克、武斗勇士蓋亞和絕地武士卡修斯。

賽小息等人在戰斗過程中經歷了一系列的冒險和挑戰。在《奇特的逃離》一集中，他們被關在黯夜地穴里受盡海盜的折磨。幸運的是，布萊克和古力可可等人出現，他們幫忙把眾人藏在垃圾車里帶出了地穴。但逃離的過程中卻遭遇了更多的困境和挑戰。到了《穿越生死線》一集中，他們需要穿越一座峽谷前往靈石峰為布萊克療傷。峽谷的引力很大，無法飛過，而且谷底有兇狠的狂野黑鳥。他們只能走唯一的鐵索橋，經過重重困難終于到達靈石峰。在《飛舞吧，幻影金剛》一集中，他們與海盜展開了激烈的戰斗，最終成功打敗了海盜。賽小息等人在療傷的時候又被海盜抓住。關鍵時刻雷伊和蓋亞趕到，救出了眾人。

賽小息和雷伊等人計劃將卡修斯和布萊克送到安全的地方療傷，卻又遭遇了宇宙海盜。雷伊和蓋亞讓賽小息帶著布萊克先走，自己留下來對付海盜。然而海盜的力量過于強大，威斯克、卡洛斯和迪恩等黑暗精靈的出現讓局勢更加嚴峻。卡璐璐等人用幻影金剛對抗卡洛斯和艾文，但最終被黑暗合力擊敗。面對如此困境，布萊克和卡修斯也不敵威斯克。雷伊和蓋亞拼盡全力擊敗了暗夜冰狐和迪恩的陰謀。布萊克在抵擋威斯克的攻擊時遍體鱗傷。賽小息等人陷入危機時，小米被激怒并爆發進化，用強大的光系力量擊敗了卡洛斯和艾文。最終布萊克用自己的全部力量傳給了卡修斯，憤怒的卡修斯用乾坤反轉擊穿了威斯克等黑暗精靈。然而此時賽小息等人發現布萊克等人用盡力量昏迷不醒悲痛不已，幸好木木大祭司及時趕到用續命丸延長了布萊克等人的生命并告訴他們只有找到始祖靈獸才能救它們于是賽小息等人立即前往泰若星尋找始祖靈獸的路上危機重重但他們依然勇往直前繼續他們的冒險之旅......

《賽爾號大電影》第三部的主題是關于雷伊壯絕的一生和阿吉亞部落守護神之樹的傳奇故事。在納斯星上神之樹發光前夕宇宙海盜潛入派出消亡了幾萬年的遠古精靈邪神庫貝薩攻擊阿吉亞部落對神之樹造成威脅幸好賽爾號的先鋒小隊成員集結四大神奇精靈組成了戰神聯盟與當地阿吉亞部落一起守護古老神樹及其果實最終成功擊敗了宇宙海盜迪恩及其部下維護了整個星球的生態平衡。整個故事充滿了冒險、挑戰和勇氣的元素深受觀眾喜愛和歡迎通過這段故事觀眾也能夠感受到宇宙的神秘與廣闊激發自己的想象力和勇氣。